Банк хоорондын гүйлгээ хэдэн цагаас ажлын хэдэн өдрөөр сунжирдаг нь бизнес эрхлэгчдэд багагүй ачаалал болдог. Ер нь Монгол Улсын банкны төлбөр гүйцэтгэх системийн ажиллагаа туйлын хязгаарлагдмал ажлын цаг бага, амралтын өдөр ажилдаггүй зэрэг дутагдлууд нь бизнес эрхчлэгчдийн санхүүгийн үйл ажиллагааг удаашруулдаг сул талтай. Тэгвэл Монгол банк улсын төлбөр тооцооны системийн найдвартай, тасралтгүй ажиллагааг хангах хүрээнд нэг саяас бага дүнтэй төлбөр тооцоог 7 хоногийн 24 цагаар тасралтгүй дамжуулдаг болсон байна. Ингэснээр харилцагчийн шилжүүлсэн төлбөр хүлээн авагчийн дансанд шууд орж, төлбөрийн гүйцэтгэл илүү шуурхай болж байгаа юм. 2013 оны жилийн эцсийн байдлаар банк хооронд нийт 16.7 сая удаагийн 900 тэрбумын бага дүнтэй гүйлгээ хийгдсэн байна. Энэ нь банкны нийт гүйлгээний 93.8 хувийг эзэлдэг ч үнийн дүнгийн ердөө 1.6 хувийг бүрдүүлдэг байна.