1994 онд батлагдсан Соёлын өвийг хамгаалах тухай хуулийн дагуу музейн сан хөмрөгийн улсын тооллогыг 4 жил тутамд явуулдаг. Хамгийн сүүлд буюу 2012-2013 онд явуулсан улс, орон нутгийн музейн сан хөмрөгийн улсын тооллогод улсын 9, байгууллагын 7, аймгийн 23, хувийн өмчлөлийн 1 музей, сүм хийд 2, нийт 42 байгууллагыг хамруулжээ. 2011 онд байгуулагдсан Хархорум, Хөшөө цайдам, Төрийн түүхийн музейгээс гадна Монголбанкны Эрдэнэсийн сан, Монголын Бурханы Шашинтны Төв Гандантэгчэнлэн хийд, Шанхын баруун хүрээ хийд, Төвхөн хийдэд хадгалагдаж байгаа түүх, соёлын дурсгалт зүйлсийг анх удаа тооллогод хамруулсан байна. Үзмэр ихтэй, бүртгэлтэй холбоотой хуримтлагдсан асуудлаас шалтгаалан Гандантэгчэнлэн хийд болон Монголын үндэсний музейд ашиглагдаж байгаа түүх, соёлын дурсгалт зүйлийн тооллого хараахан дуусаагүй байна. Одоогийн байдлаар 41 байгууллагын 80324 дэсийн 172106 ширхэг 570133 иж бүрдэл үзмэрийг тоолж улсын бүртгэлд аваад байна гэж Соёл, спорт, аялал жуулчлалын яамнаас Засгийн газрын хуралдаанд танилцууллаа.

Энэ удаагийн тооллогод анх удаа цахим бүртгэл ашиглаж, үр дүнг мэдээллийн цахим санд нэгтгэсэн байна. Ингэснээр үзмэрийн дугаарын давхардал, тооллогын гар бичмэл бүртгэлд байсан механик алдаануудыг илрүүлж залруулах, хамгийн гол үр дүн нь үзмэрийн дэс, ширхэг, иж бүрдлийн бүрэлдэхүүн хэсгийн тоо гэсэн гурван хэлбэрээр нарийвчлалтай гаргажээ. Бүртгэлийг ингэж цахим хэлбэрт шилжүүлсэн нь музейн ажилд томоохон дэвшил боллоо гэж мэргэжлийн байгууллагууд дүгнэлээ.

Музейн сан хөмрөгийн улсын тооллогын дүн, дүгнэлтэд үндэслэн энэ салбарын эрх зүйн орчныг боловсронгуй болгох, зориулалтын барилга байгууламжаар үе шаттай хангах, зарим музей, сүм хийдийг Төрийн тусгай хамгаалалтын жагсаалтад оруулах, музейн мэргэжлийн боловсон хүчнийг бэлтгэх, давтан сургах чиглэлээр Засгийн газрын тогтоол гаргаж хэрэгжүүлэхээр шийдвэрлэлээ.