МУИС-ын захирал А.Галтбаяртай холбоотой гомдол саналын дагуу ШӨХТГ-аас холбогдох шалгалтыг хийж дүгнэлтийг хүргүүлжээ. Тодруулбал, А.Галтбаяр нь 2013 оны 11 сарын 21-ний өдөр иргэн О-гоос МУИС-ын шилжилтийн төлбөрийн талаар гомдол ирүүлсэн байна. Энэ гомдлын дагуу ШӨХТГ-аас тус сургуульд шаардлага хүргүүлж тухайн иргэний шилжилтийн төлбөрийг эргүүлэн олгож байсан юм байна. Гэвч шилжилтийн төлбөрийг бэлнээр авч олон оюутныг хохироосон талаарх мэдээлэл дахин 2014 оны дөрөвдүгээр сард гарсан байна. Энэ дагуу шалгалт хийхэд МУИС-ын захирал А.Галтбаяр нь 2013 оны есдүгээр сарын 27-ний өдрийн А 58 41 тоот тушаалаар 166 оюутныг  шилжүүлэн суралцуулахдаа 236 сая 47 мянга 500 төгрөг, 2014 оны хоёрдугаар сарын 26-ний өдрийн А45 тоот тушаалаар 75 оюутан шилжүүлэн суралцуулахдаа 111 сая 134 мянга, 500 төгрөг, нийтдээ ,347 сая 182 мянган төгрөгийг хууль бусаар хураан авсан болох нь тогтоогдсон байна. 2014 оны дөрөвдүгээр сарын 17-ний өдрийн 7.52 тоот улсын байцаагчийн дүгнэлт, 7.309 тоот улсын байцаагчийн албан шаардлагаар оюутнуудаас хураан авсан 347 сая 182 мянган төгрөгийг буцаан олгохыг ШӨХТГ-аас А.Галтбаярт шаардлага хэлбэрээр хүргүүлсэн боловч, шаардлагыг эс зөвшөөрч Давж заалдах гомдлыг гаргажээ. Улмаар түүний давж заалдах гомдлыг хянаж үзээд улсын байцаагчийн албан шаардлага, дүгнэлтийг хүчингүй болгох боломжгүй гэж өнгөрсөн сарын 26-ний өдөр мэдэгджээ. Түүнчлэн хууль зөрчсөн үйлдлийг удаа дараа давтаж, иргэд оюутнуудыг онц их хэмжээгээр хохироосон гэж үзээд ШӨХТГ-аас Л.Гантөмөр сайдад өнгөрсөн сарын 27-ний өдөр 1.571 тоот албан бичгээр А.Галтбаяртай хариуцлага тооц гэж мэдэгджээ. Өөрөөр хэлбэл, энэ хүн ёсзүйн хувьд цаашид энэ албан тушаалд таарахгүй хүн байна гэжээ.